Susunan organisasi Satuan Pengawasan Internal (SPI) Unhas terdiri atas Ketua, Sekretaris, Divisi, Bagian Tata Usaha, untuk melaksanakan tugas dan fungsinya, Ketua SPI dibantu oleh Divisi Keuangan, Divisi Sumber Daya Manusia, dan Divisi Aset. setiap divisi dipimpin oleh seorang ketua yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada ketua spi unhas, selain itu, SPI dapat membentuk auditor yang mempunyai tugas dan fungsi melaksanakan audit sesuai dengan program kerja audit, menyusun kertas kerja audit, dan menyusun laporan hasil audit. 

Struktur Organisasi SPI Unhas sebagai berikut: