Satuan Pengawasan Internal Unhas awalnya adalah sebuah Unit Pelaksana Teknis (UPT) bernama Unit Pengawasan Internal (UPI). Unit ini dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Rektor Unhas No. 610/J04/O/2006 tentang Pembentukan dan Pengangkatan Pengelola Unit Pengawasan Internal (UPT-UPI) Universitas Hasanuddin. Pada tahun 2010 Senat Unhas mengusulkan penggantian nama UPI menjadi Satuan Pengawasan Internal (SPI) dan Rektor mengeluarkan Surat Keputusan Rektor Unhas No. 31/H4/P/2010 tentang Pembentukan Satuan Pengawasan Internal Universitas Hasanuddin. 

Nama SPI berubah menjadi Lembaga Satuan Pengawas Internal sejak tanggal 1 Februari 2016 dan tercantum di dalam Peraturan Rektor Unhas No. 5441/UN4/OT.04/2016 tentang Organisasi dan Tata Kerja Pengelola Universitas Hasanuddin. Di dalam Peraturan Rektor tersebut dinyatakan bahwa penyelenggaraan dan pengelolaan Unhas dipimpin oleh Rektor. Untuk menjalankan fungsi penyelenggaraan dan pengelolaan tersebut, Rektor dibantu oleh beberapa unsur, termasuk Lembaga Satuan Pengawas Internal.